Hệ thống kiểm soát nội bộ (HTKSNB) là các quy định và các thủ tục kiểm soát do đơn vị được kiểm toán xây dựng và áp dụng nhằm đảm bảo cho đơn vị tuân thủ pháp luật và các quy định, để kiểm tra, kiểm soát, ngăn ngừa và phát hiện gian lận, sai sót; để lập BCTC trung thực và hợp lý trên các khía cạnh trọng yếu, nhằm bảo vệ, quản lý và sử dụng có hiệu quả tài sản của đơn vị. HTKSNB bao gồm môi trường kiểm soát, hệ thống kế toán và các thủ tục kiểm soát.

            Phương pháp kiểm toán là các cách thức, thủ tục được áp dụng trong qúa trình kiểm toán. Mục đích của các cuộc kiểm toán là đánh giá các rủi ro trong kiểm toán (rủi ro tiềm tàng, rủi ro phát hiện, rủi ro kiểm soát và rủi ro kiểm toán), như vậy thong qua việc nghiên cứu HTKSNB sẽ giúp KTV và DN kiểm toán đánh giá được những loại rủi ro này trong các giai đoạn của cuộc kiểm toán (giai đoạn lập kế hoạch, giai đoạn thực hiện và giai đoạn lập báo cáo kiểm toán). Chẳng hạn, nếu HTKSNB của đơn vị được kiểm toán được đánh giá là hoạt động không tốt, không hiệu quả thì điều này sẽ bắt buộc KTV và DN kiểm toán sẽ áp dụng những phương pháp kiểm toán chặt chẽ, phù hợp, cách thức hu thập bằng chứng kiểm toán cận thận, rộng hơn nhằm phát hiện những sai sót trọng yếu và ngược lại.